Une autre solution pour remonter un peu le Troll ça serait des cales de ressort +3 ou +4cm. Comme ça tu te donne un peu plus de marge, et même si c'est pas l'idéal quand il faut compter sur un grand débattement des suspensions, tu conserves tout de même les ressorts en longueur d'origine.
Le BF Goodrich A/T (All terrain) est un pneu mixte extrêmement populaire dans le monde qui a fait ses preuves depuis des décennies. Je pense comme Jmarc que c'est une valeur sûre pour un projet comme le tiens.
EGR, sondes, etc sont arrivés bien avant l'Euro 4...
Si tu veux un Y61 et que tu comptes te passer d'un max d'électronique, oublie direct le 3.0L et pars sur le TD6. Mais c'est déjà plus chargé qu'un Y60 au niveau de l'électronique de gestion moteur. Après il y a des choses comme la pompe à injection, électronique d'origine, qu'il est possible de passer en mécanique en récupérant une pompe de Y60 (voir le sujet dédié dans les astuces sur le site).