Bsr,
si tes batteries se déchargent, c'est que les diodes de ton alternateur sont HS (une ou plusieurs).
Pour le contrôler : toucher la carcasse après une/deux heures : si chaud c'est que le père Joule est dans l'induit. Tu peux aussi avec tout à l'arrêt, débrancher le câble + de l'alternateur et ensuite tu l'approches à toucher et tu l'éloignes légèrement : si arc électrique ça confirme le coup des diodes.
Tu te souviens de ta tension au ralenti ... elle me semblait bien élevée !
Ou alors ton séparateur a une fuite de courant ..